Haruyuki "Haru" Arita adalah seorang pemuda bertubuh pendek dan gemuk yang sering diejek oleh berandalan di SMP Umesato. Akibatnya ia menjadi sangat rendah diri. Ia melarikan diri dari siksaan di kehidupan nyata dengan log in ke jaringan lokal sekolah dimana ia selalu memainkan permainan dan menunjukkan keterampilannya. Hal ini menarik perhatian Kuroyukihime (secara harfiah berarti "Putri Salju Hitam"), seorang gadis populer dan menarik yang menjabat sebagai Wakil Ketua OSIS.Setelah membantunya melawan beberapa berandalan, Kuroyukihime memperkenalkan Haruyuki dengan Brain Burst, sebuah program rahasia yang mampu mempercepat proses kognitif manusia ke titik dimana waktu tampak berhenti. Haruyuki segera mengetahui bahwa Brain Burst adalah lebih dari sekadar program biasa, melainkan sebuah Augmented Reality Massively Multiplayer Online (ARMMO) dimana orang saling bertarung dalam duel sengit untuk mendapatkan Burst Point yang dapat digunakan untuk melakukan akselerasi di dunia nyata.

    Kuroyukihime kemudian meminta bantuan Haruyuki agar dapat mencapai Level 10 dalam Brain Burst dengan cara mengalahkan "Six Kings of Pure Colour" sehingga dapat bertemu pencipta Brain Burst dan mengetahui tujuan sebenarnya dari pembuatan program ini. Dengan setiap tantangan yang mereka hadapi di Accelerated World, Haru dan Kuroyukihime, di bawah alias mereka yaitu "Silver Crow" dan "Black Lotus", mengumpulkan sekutu terpercaya, menghadapi musuh berbahaya, dan ikatan mereka tumbuh kuat saat berusaha untuk mencapai tujuan akhir mereka: untuk mencapai level tertinggi dan bertemu dengan pencipta permainan.